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| 农业生物多样性应用技术国家工程研究中心 |
| 农作物生物多样性应用技术国家工程研究中心（以下简称工程中心）依托云南农业大学，于2002年12月经国家发展与改革委员会批准立项建设，预计2007年建成验收。工程中心实行理事会领导下的主任负责制。建设期间，暂时以重点实验室和国家工程研究中心两块牌子，一套班子试运行。工程中心的主要目标与任务是，针对农业生物多样性利用与保护、农业病虫害防治的需要，阐明农业生物多样性之间相互依存、相互制约的基本规律，明确农业生物多样性控制病害的分子基础及其相互关系，提示农业生物多样性利用和保护的内在联系，在解决农业生物多样性应用技术中的重大科学问题的同时，建立品种优化搭配、优化群体种植模式的技术参数、技术标准和技术规程，促进我国高效生态农业的发展......
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| 国家普洱茶认证中心 |
| 云南普洱茶认证中心(Certification Assessment Center of Yunnan Pu-erh Tea) 是在云南省政府的指导下，经国家认证认可监督管理委员会批准，省工商局登记注册，于2007年7月10日正式挂牌成立的全国唯一的普洱茶“检测、鉴定、认证”专业认证机构，主要从事普洱茶产品质量认证。其业务以云南为中心，辐射全国。
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| 国家农科专业基础实验教学中心 |
| 云南农业大学农科专业基础实验教学中心在整合学校农科专业基础学科13个实验室的基础上，投资2000万元建造教学实验室楼（国家工程中心八楼和7号教学楼A座）、700万元采购仪器设备。面积5200多平方米、中心教学用房78间，单价800元以上仪器设备1693台套、5万元以上精密设备20多台......
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| 生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室 |
| 农业生物多样性与病虫害控制教育部重点实验室于2002年经教育部审批设立。实验室立足云南生物多样性、气候多样性、地理多样性和民族多样性优势，依靠实验室修德博学、敬业创新的团队精神，持之以恒，自主创建了实验室立足的核心理论—“农业生物多样性利用和保护”，形成了“农业生物多样性与病害控制”鲜明特色。
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| 云南省植物病理重点实验室 |
| 云南省植物病理重点实验室于1993年经云南省政府批准建设，2001年被云南省人民政府确定为云南省生物多样性和生物技术创新人才培养基地。2005年经教育部批准，在云南省植物病理重点实验室的基础上建立了农业生物多样性与病害控制教育部重点实验室。
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| 云南省动物营养与饲料重点实验室 |
| 云南省动物营养与饲料重点实验室依托云南农业大学，于1998年5月建成使用，同时为“云南省实验动物饲料营养质量与生产检测中心”，“动物营养学”为省级重点学科，“动物营养与饲料科学”为硕士学位授权点。
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| 云南省版纳微型猪近交系重点实验室 |
| 版纳微型猪近交系重点实验室于2001年经云南省科技厅、省计委、省财政厅、省教育厅批准成立，于2003年建成。实验室是在云南农业大学版纳微型猪近交系研究所从1980年开始培育的近交系已进入18世代、近交系数高达97.9%的基础上批准建设的。重点实验室以西双版纳原原种场、昆明原种场近交系继代培育为基础，由近交系实验动物化研究室、遗传及分子生物学研究室、生理生化及营养研究室、细胞及胚胎工程研究室、转基因及异种器官移植研究室、近交系产业研究与开发中心、低温保存室、数据资料室组成，互为依托，形成一个以版纳微型猪近交系30余个亚系为资源基础的研究和开发的有机整体。
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| 云南省滇型杂交水稻研究中心 |
| 云南省滇型杂交水稻研究中心“Dian-type Hybrid Rice Research Centre of Yunnan Province” （以下简称滇杂中心），于1984年经云南省人民政府批准正式成立（正处级单位），时任云南省副省长、滇型杂交水稻创始人李铮友教授兼中心主任。滇杂中心立足云南，面向国内外，与国内外杂交粳（籼）稻相关研究单位合作开展滇型杂交水稻新组合选育、示范和推广研究。
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| 云南省香料研究开发中心 |
| 云南农业大学香料研究所暨云南省香料研究开发中心成立于1983年，是由原国家科委、国家计委立项资助，云南省科委和省轻工厅负责承建、云南省计委批准组建的从事天然香料研究开发的专业科研机构。2004年10月，经省政府批准，云南省香料研究开发中心整体并入云南农业大学,增设为云南农业大学香料研究所,形成两块牌子,一套班子的运作模式。香料所现在的办公和实验室位于云南省昆明市盘龙区北京路542号云南科技大楼13-17层，建筑面积4296平方米。现为中国香料香精化妆品工业协会理事、常务理事单位、天然香料专业委员会副主任委员单位和云南省香料行业协会副理事长单位。
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| 农科 |
| 东南亚薯类作物科研与培训中心 |
普洱茶研究院 |
水资源与节水灌溉重点实验室 |
| 东方蜜蜂研究所 |
花卉研究所 |
土壤与肥料研究所 |
| 动物遗传育种研究所 |
生态环境科学研究所 |
中药材研究所 |
| 薯类研究所 |
食用菌研究所 |
甘蔗研究所 |
| 稻作研究所 |
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| 人文社科 |
| 农村发展政策研究中心 |
农业教育研究所 |
科学技术史研究所 |
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| 理工科 |
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